O filme começa logo após Scorpion’s Revenge, onde os heróis são atacados por Shao Kahn, o que forçará “Raiden e seu grupo de guerreiros a um acordo para competir em um Mortal Kombat final que determinará o destino dos reinos”. Isso força os mocinhos a viajar para Outworld defender Earthrealm enquanto Scorpion viaja para encontrar o Kamidogu (uma relíquia mística feita pelo todo-poderoso Elder Gods) antes de ser usado para trazer de volta o misterioso Ser Único, que destruiria o universo.